Сочетание тромбоза воротной вены с тромбозом брыжеечных вен в большинстве случаев быстро ведет к летальному исходу. При пилефлебите прогноз также чаще неблагоприятный, хотя зависит от причины его развития и сроков начала лечения. Даже при относительно благоприятном течении обычно развивается ПГ. 5-летняя выживаемость больных с хроническим тромбозом воротной вены при отсутствии цирроза печени и злокачественных новообразований составляет около 90%.