Главная цель в лечении хронического гепатита В — предотвращение развития отдаленных последствий гепатита — цирроза и рака печени. Достижение этой цели осуществляется посредством подавления размножения (репликации) вируса, нормализации уровня трансаминаз, уменьшения воспаления в печени, для инфицированных «диким» штаммом вируса — исчезновение HВeAg, и появление Anti-HBe. В большинстве случаев подавление вирусной репликации сопровождается уменьшением воспаления в печени. Важно отметить, что по результатам исследований последних лет проведение противовирусной терапии, даже в случае её неэффективности, оказывает профилактическое действие в отношении отдаленных последствий хронического гепатита В, в частности рака печени.
Доказано, что частота рака печени у пациентов, получавших противовирусное лечение, достоверно ниже в сравнении с теми, кто не получал противовирусную терапию. Эти данные касаются только препаратов с доказанным противовирусным действием (интерферон-альфа, пегилированный интерферон-альфа 2а, аналоги нуклеозидов). В свете новых данных, противовирусную терапию можно рассматривать в качестве меры профилактики злокачественных новообразований печени.